Το Νοσοκομείο Μεσολογγίου ανήκει στο Εθνικό Σύστημα Υγείας (ΕΣΥ) και είναι άρρηκτα συνδεδεμένο με το Νοσοκομείο Αγρινίου μετά από την καθιέρωσή τους ως διασυνδεόμενα Νοσοκομεία με την Αριθμ. Υ4α/ΟΙΚ84627 απόφαση (ΦΕΚ 1681/Β/28-7-2011). Τα δύο αυτά λειτουργούντα υπό ενιαία διοίκηση διασυνδεόμενα Νοσοκομεία του ΕΣΥ που υπάγονται στις διατάξεις του Ν.Δ. 2592/53 «Περί οργανώσεως της Ιατρικής Αντίληψης» (ΦΕΚ 254/Α΄), αποτελούν από το 2012 (ΦΕΚ 3510/2012) αυτοτελές και ενιαίο Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (Ν.Π.Δ.Δ.) σύμφωνα με το άρθρο 2 του Ν. 4052/2012 (ΦΕΚ 41 Α΄) ως «Γενικό Νοσοκομείο Αιτωλοακαρνανίας». Από το εν λόγω ΦΕΚ και μετά, το Νοσοκομείο Μεσολογγίου φέρει πλέον την επωνυμία «Γενικό Νοσοκομείο Αιτωλοακαρνανίας – Νοσηλευτική Μονάδα Μεσολογγίου».
Η Νοσηλευτική Μονάδα Μεσολογγίου υπάγεται στην 6η Υγειονομική Περιφέρεια και παρέχει Πρωτοβάθμια και Δευτεροβάθμια περίθαλψη ισότιμα σε κάθε πολίτη, ανεξαρτήτως οικονομικής και κοινωνικής κατάστασης σύμφωνα με τους κανόνες του Εθνικού Συστήματος Υγείας και Κοινωνικής Ασφάλισης.
Η Ν.Μ. Μεσολογγίου διαθέτει 120 κλίνες και αποτελεί Μονάδα μη ολοήμερης λειτουργίας χωρίς απογευματινά ιατρεία. Υπό την εποπτεία της Ν.Μ. Μεσολογγίου λειτουργεί και το Κέντρο Ψυχικής Υγείας το οποίο στεγάζεται εντός της πόλεως.