Όπως προαναφέρθηκε, σύμφωνα με το ΦΕΚ 1681/Β/28-7-2011 οι Νοσηλευτικές Μονάδες Αγρινίου και Μεσολογγίου συνενώθηκαν αποτελώντας το Γενικό Νοσοκομείο Αιτωλοακαρνανίας. Η Ν.Μ. Μεσολογγίου αποτελείται από τρείς Διευθύνσεις οι οποίες διαρθρώνονται βάσει της υπ’αριθμ. 39506/10-04-2012 απόφασης, σχετικά με τον Οργανισμό του Ν.Μ. Μεσολογγίου ως εξής:

    1. Διεύθυνση Ιατρικής Υπηρεσίας
      • Παθολογικό τμήμα
      • Καρδιολογικό τμήμα
      • Μονάδα Τεχνητού Νεφρού
      • Χειρουργικό τμήμα
      • Μαιευτικό Γυναικολογικό τμήμα
      • Αναισθησιολογικό τμήμα
      • Μονάδα Εντατικής Θεραπείας
      • Τμήμα Βραχείας Νοσηλείας
      • Τμήμα Επειγόντων Περιστατικών
      • Τομέας Ψυχικής Υγείας (Ψυχαργώ)
    2. Διεύθυνση Νοσηλευτικής Υπηρεσίας
    3. Διεύθυνση Διοικητικής – Οικονομικής Υπηρεσίας
      1. Υποδιεύθυνση Διοικητικού
        • Διαχείρισης Ανθρώπινου Δυναμικού
        • Γραμματείας
        • Γραμματείας Εξωτερικών Ιατρείων και Επειγόντων Περιστατικών
        • Κίνησης Ασθενών
        • Οικονομικού
        • Επιστασίας και Ιματισμού
      2. Υποδιεύθυνση Τεχνικού
        • Βιοϊατρικής Τεχνολογίας
        • Τεχνικού
    4. Αυτοτελές τμήμα Οργάνωσης και Πληροφορικής